Para instalar Compiz Fusion en Debian es recomendable usar estos repositorios:
Ejecuta como root:

gedit /etc/apt/sources.list

Y copia al archivo la siguiente linea dependiendo de tu versión:

Para Debian Etch (old-stable):

deb http://download.tuxfamily.org/shames/debian-etch/desktopfx/stable/ ./

Para Debian Lenny (estable):

deb http://download.tuxfamily.org/shames/debian-lenny/desktopfx/unstable/ ./

Para Debian Sid (inestable):

deb http://download.tuxfamily.org/shames/debian-sid/desktopfx/unstable/ ./

Ahora para obtener el key ejecuta:

wget http://download.tuxfamily.org/shames/A42A6CF5.gpg -O- | apt-key add -

Ejecuta:

apt-get update

Si usas Gnome ejecuta:

apt-get install compiz-fusion-gnome

Si usas KDE ejecuta:

apt-get install compiz-fusion-kde

Y para terminar de instalar Compiz Fusion, ejecuta:

apt-get install compiz-fusion-all

Para iniciar Compiz Fusion ejecuta:

compiz --replace

Para instalar Compiz Fusion en Ubuntu primero hay que modificar los repositorios, ejecuta:

sudo gedit /etc/apt/sources.list

Y pega en el archivo las siguientes lineas

deb http://download.tuxfamily.org/3v1deb *** eyecandy
deb-src http://download.tuxfamily.org/3v1deb *** eyecandy

Y remplaza los *** por el nombre de la versión de ubuntu que uses:

Para 7.04: feisty
Para 7.10: gutsy
Para 8.04: hardy
Para 8.10: intrepid
Para 9.04: jaunty

Guarda el archivo y ejecuta:

wget http://download.tuxfamily.org/3v1deb/DD800CD9.gpg -O- | sudo apt-key add -

sudo apt-get update

sudo apt-get install compiz

Para Gnome ejecuta:

sudo apt-get install compiz-gnome

Para KDE ejecuta:

sudo apt-get install compiz-kde

Para instalar los plugins ejecuta:

sudo apt-get install compiz-fusion-*

Para iniciar Compiz Fusion ejecutar:

compiz --replace

Para instalar Compiz Fusion en Fedora se debe ejecutar como root:

yum install compiz-fusion

Si no tenés Compiz Fusion en los paquetes podés bajarlo en este enlace:
Descargar Compiz Fusion

Para instalar Compiz Fusion en Gentoo añadí las siguientes líneas al archivo: /etc/portage/package.keywords

dev-python/compizconfig-python
x11-wm/compiz
x11-wm/compiz-fusion
x11-plugins/compiz-fusion-plugins-main
x11-plugins/compiz-fusion-plugins-extra
x11-plugins/compiz-fusion-plugins-unsupported
x11-wm/emerald
x11-themes/emerald-themes
x11-apps/ccsm
x11-libs/libcompizconfig
x11-libs/compizconfig-backend-gconf
x11-libs/compizconfig-backend-kconfig
x11-libs/compiz-bcop

Ahora ejecuta:

echo \\\\\\\"x11-libs/cairo glitz svg\\\\\\\" >> /etc/portage/package.use

emerge -1av cairo

emerge -av compiz-fusion

emerge -v1a compiz compiz-bcop emerald libcompizconfig compiz-fusion-plugins-main compiz-fusion-plugins-extra \ compiz-fusion-plugins-unsupported compizconfig-backend-kconfig compizconfig-backend-gconf compizconfig-python \ emerald-themes ccsm compiz-fusion

Si tenes KDE4 este último paso puede fallar. Para solucionarlo ejecuta:

echo \\\\\\\">=x11-wm/compiz-0.6.2-r1 -kde\\\\\\\" >> /etc/portage/package.use

Y repeti el paso que fallo.

Para iniciar Compiz Fusion ejecutar:

compiz-start

Para instalar Compiz Fusion en Arch Linux, ejecuta los siguientes comandos:

pacman -S compiz-fusion

Si usas Gnome ejecuta:

pacman -S compiz-fusion-gtk

Si usas KDE ejecuta:

pacman -S compiz-fusion-kde

Y para iniciar Compiz Fusion ejecuta:

fusion-icon